Après avoir dérobé des articles dans le centre commercial du coin (voir Magic Maze, Maximum Security & Hidden Roles), nos héros ont été arrêtés et emprisonnés dans une tour de près de cent étages. Faisant feu de toute leur ingéniosité, et aidé par la petite s◊ur de la sorcière arrivée en renfort grâce à son pouvoir de téléportation, notre bande de bras cassés tente de s’enfuir de la tour en en parcourant un à un ses niveaux labyrinthiques.

Dans Magic Maze Tower, les héros se rendent (parfois) d’abord dans leur armurerie de prédilection avant de (toujours) s’enfuir par une case de sortie commune ou propre à chacun. Une partie est une aventure constituée de 5 ou 9 niveaux dont le dernier est souvent le plus redoutable.

Au total, ce sont 91 quêtes séparées en 15 aventures différentes qui sont présentes dans la boîte, avec une difficulté progressive, ainsi que 6 quêtes rapides qui constituent un tutoriel complet pour appréhender les règles du jeu en douceur.